您好，针对您提出的问题“领了结婚证，女方户口不在男方户口本上，小孩在女方户口上，算合法夫妻吗”，我可以给您一个清晰且详细的解答。
首先，根据我国婚姻法的规定，凡符合我国婚姻法规定结婚条件的男女，到婚姻登记机关登记并领取结婚证后，即确立了夫妻关系。这一规定明确了婚姻登记的法律效力，是判断夫妻关系是否合法的核心依据。
接下来，针对您提到的具体情况进行分析：
1. 领了结婚证：这是判断夫妻关系是否合法的直接证据。只要双方按照婚姻法的规定，在婚姻登记机关进行了登记并领取了结婚证，那么他们之间的夫妻关系就是合法的。
2. 女方户口不在男方户口本上：这一点并不影响夫妻关系的合法性。户口本主要是用于记录个人的户籍信息，而婚姻关系的合法性并不依赖于户口本的记录。在我国，婚姻登记并不要求双方必须将户口迁至同一处。
3. 小孩在女方户口上：同样，这一点也不影响夫妻关系的合法性。子女的户籍登记与父母的婚姻关系是两个独立的问题。无论子女的户籍登记在何处，都不会改变父母之间已经确立的合法夫妻关系。
此外，我还想补充一点，关于婚姻登记的相关规定。近年来，为了适应人口流动的客观规律，推动相关公共服务随人走，我国对婚姻登记条例进行了修订。修订后的条例取消了当事人需要出具户口簿的规定，这进一步说明了婚姻登记与户籍地的脱钩，以及户口簿在婚姻登记中的原有作用已经减弱。
综上所述，只要双方已经按照婚姻法的规定在婚姻登记机关进行了登记并领取了结婚证，那么他们之间的夫妻关系就是合法的，不受女方户口是否在男方户口本上以及小孩户籍登记情况的影响。希望这个解答能够消除您的疑虑。