当被执行人已还清欠款时，案件的结案流程通常遵循以下步骤来确保双方权利义务关系的终结，并恢复被执行人的正常信用状态：

### 一、确认还款事实

1. 全面履行义务：被执行人需确保已按照判决、裁定或其他法律文书所确定的内容，全面履行了还款义务。

2. 提供还款凭证：与申请执行人沟通，并提供银行转账记录、收条等相关还款凭证，以详细证明还款事实，包括还款金额、时间、方式等信息。

3. 核实还款情况：申请执行人需仔细核实被执行人提供的还款凭证，法院也可能对还款情况进行进一步调查和确认。

### 二、申请与审查结案

1. 提交结案申请：可以由申请执行人或被执行人向执行法院提交结案申请，申请中应写明被执行人已履行全部还款义务，并附上相关还款证明材料。

2. 法院审查材料：法院收到结案申请后，执行法官会对提交的申请材料进行认真审核，重点审查还款凭证的真实性、完整性及与案件的关联性。

### 三、作出结案处理

1. 出具结案通知书：经审查确认被执行人已履行全部义务后，法院会依法制作并出具结案通知书，明确表明案件已执行完毕。

2. 解除相关措施：案件执行完毕后，法院会解除对被执行人采取的一系列强制措施，如解除银行账户冻结、查封、扣押，以及取消限制高消费、纳入失信被执行人名单等措施，恢复被执行人正常的生产生活和信用状态。

3. 案件归档与备案：法院会将案件相关材料进行整理归档，并进行备案，以备后续查询或审计。

### 四、注意事项

- 具体的结案流程可能会因地区或具体案件的不同而有所差异，建议咨询当地法院以确保流程的准确性和合法性。
- 当事人应积极配合法院的工作，及时提供所需材料和信息，以便顺利完成结案流程。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您在债务债权或婚姻家庭领域有任何法律问题，都可以直接向我咨询。