针对您提出的问题，关于被告对借条申请笔迹鉴定后，结果不是被告的笔迹，原告申请撤诉时鉴定费应如何处理的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确鉴定费在诉讼中的地位。鉴定费并不直接等同于诉讼费用，而是属于诉讼过程中因鉴定发生的依法应当由当事人负担的费用。根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，这类费用由人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。

接下来，我们分析本案的具体情况。被告在诉讼中申请对原告提供的借条进行笔迹鉴定，并预交了鉴定费。鉴定结果显示，借条上的签名字迹不是被告所写。随后，原告向法院申请撤回起诉。在这个过程中，鉴定费的处理成为了一个争议点。

对于鉴定费的承担，存在以下几种观点：

1. 由原告承担。理由是：虽然原告撤回了起诉，但鉴定结果已经表明原告的诉讼请求无法得到支持，因此原告应承担败诉的后果，包括鉴定费。此外，按照通常惯例，鉴定费用应由申请方预交，待鉴定结果出来后，根据鉴定结果有利于哪一方，则哪一方不用承担鉴定费用，而应由对方承担。

2. 由被告承担。理由是：根据《诉讼费用交纳办法》的规定，鉴定费由负有举证责任的一方承担。被告对原告提供的证据提出异议并要求进行司法鉴定，是其依法行使抗辩权利，也是其举证义务和范围。因此，被告应承担因其自身举证需要而产生的鉴定费。

3. 由原、被告双方协商分担。这是一种折中的做法，既考虑了原告的撤诉行为，也考虑了被告的举证责任。

在实践中，具体的处理方式可能会因案件的具体情况而有所不同。如果双方能够协商一致，可以达成一个双方都能接受的解决方案。如果协商不成，法院可能会根据案件的具体情况、当事人的过错程度、公平原则等因素来裁决鉴定费的承担。

综上所述，对于您提出的问题，我认为鉴定费的处理应根据案件的具体情况、当事人的过错程度以及公平原则来综合考虑。如果双方能够协商一致，最好达成一个双方都能接受的解决方案。如果协商不成，可以寻求法院的裁决。在处理此类问题时，应注重保护当事人的合法权益，确保诉讼的公平和正义。