首先，我们需要明确“等保”的含义，即信息安全等级保护，是对信息系统安全保护等级化工作的总称。在甲乙双方的合作关系中，如果甲方将其APP代运营给乙方，那么关于APP的等保工作，理论上可以由乙方来承担，但这并不是绝对的，而是需要依据双方的具体合同约定。
1. 合同约定明确：如果甲乙双方在合同中明确约定了由乙方负责APP的等保工作，那么乙方就需要按照合同约定来履行相应的责任和义务，确保APP的信息安全等级保护达到相应的标准。
2. 合同约定不明确或未约定：如果双方合同中未明确约定或未提及等保工作，那么就需要双方进一步协商确定。在这种情况下，乙方是否承担等保工作，就需要看双方的具体协商结果了。
另外，即使乙方承担了等保工作，也需要确保自身具备相应的资质和能力来完成这项工作。因为等保工作涉及到信息系统的安全保护，需要专业的技术知识和实践经验。如果乙方不具备相应的资质和能力，那么可能会给APP的信息安全带来风险。
综上所述，甲方代运营的APP是否可以由乙方做等保，需要根据双方的具体合同约定及实际情况来确定。如果双方有明确的合同约定，且乙方具备相应的资质和能力，那么乙方可以承担等保工作。如果合同约定不明确或乙方不具备相应资质和能力，那么就需要双方进一步协商或寻求其他解决方案了。如你在此过程中有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，可以随时向我咨询。