在离婚调解中，若房产约定归女方但未经登记，确实存在不得对抗善意第三人的情形。以下是对这一问题的详细分析：

1. 离婚调解协议与合同相对性原则

- 离婚调解协议是夫妻双方在离婚过程中，就财产分割、子女抚养等问题达成的协议。根据合同的相对性原则，该协议仅对协议双方具有法律约束力，不能对抗协议之外的善意第三人。
- 例如，在您提到的案例中，虽然离婚协议约定了所有财产归女方，但由于该协议未被实际履行且房产被法院查封，因此女方不能仅凭离婚协议就主张对房产的全部所有权，因为这可能会侵犯到被告债权人的合法权益。

2. 房产登记与物权变动

- 房产作为不动产，其物权的变动需要遵循法定的登记程序。未经登记，房产的物权不会发生变动。
- 在离婚调解中，即使双方约定了房产归女方，但如果未进行房产登记变更，该房产在法律上仍然属于原登记人（通常是男方）所有。因此，当该房产被法院查封或涉及其他法律纠纷时，女方不能仅凭离婚协议就主张对房产的权利。

3. 不得对抗善意第三人的情形

- 善意第三人是指不知道也不应当知道交易双方存在内部约定，而基于对房产登记的信赖进行交易的人。
- 在离婚调解中，若房产未经登记变更且涉及其他法律纠纷（如被法院查封、涉及债务纠纷等），则女方不能仅凭离婚协议就主张对房产的权利，因为这可能会损害到善意第三人的合法权益。此时，法院通常会根据法律规定和实际情况，对房产进行分割或处理。

4. 法律建议

- 对于女方而言，在离婚调解中若约定房产归自己所有，应尽快办理房产登记变更手续，以确保自己的权益得到法律保护。
- 若因特殊原因无法立即办理登记变更手续，也应与男方协商并签订补充协议，明确双方的权利义务和违约责任，以防止未来可能出现的纠纷。
- 若遇到房产被查封或涉及其他法律纠纷的情况，女方应及时咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律后果，并采取相应的法律措施来维护自己的权益。

综上所述，离婚调解中若房产约定归女方但未经登记，确实存在不得对抗善意第三人的情形。因此，在处理此类问题时，应充分考虑法律规定和实际情况，确保自己的权益得到法律保护。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。