当电动车主负主要责任，机动车主负次要责任时，保险公司的赔偿流程通常按照以下步骤进行：
### 一、交强险赔偿
1. 赔偿原则：
- 交强险是一种强制责任保险，旨在保障交通事故受害人依法得到基本赔偿。在电动车主责、机动车次责的情况下，机动车的交强险会首先在有责限额内进行赔付。2. 赔偿限额：
- 医疗费用赔偿限额：18000元，用于赔付电动车主的医疗费、诊疗费等。 - 伤残赔偿限额：180000元，涵盖电动车主的误工费、护理费、残疾赔偿金等。 - 财产损失赔偿限额：2000元，用于赔付电动车的财产损失。3. 赔偿方式：
- 机动车的交强险会在上述限额内不分责任比例地先行赔偿电动车主的损失。若电动车主的损失未超过这些限额，则由机动车交强险全额赔付；若超过限额，则超出部分需按照双方责任比例分担。### 二、商业险赔偿
1. 赔偿原则：
- 在交强险赔偿之后，若电动车主的损失仍有不足部分，则由双方的商业险按照责任比例进行赔付。2. 责任比例：
- 一般来说，电动车主责时承担70%的责任，机动车次责时承担30%的责任。这个比例可能因具体事故情况而有所调整，但通常是按照这样的比例来划分。3. 赔偿方式：
- 根据责任比例，机动车的商业险会承担相应比例的赔偿责任。例如，如果电动车主的损失（扣除交强险已赔部分）为10万元，那么机动车的商业险需赔偿10万×30%=3万元。### 三、车主自行承担部分
- 在交强险和商业险赔偿之后，若仍有不足部分，则由双方车主按照责任比例自行承担。电动车主需承担主要责任部分，机动车主承担次要责任部分。
### 四、法律依据
- 电动车主责、机动车次责的赔偿法律依据主要源于《道路交通安全法》及相关司法解释，以及《民法典》侵权责任编中的相关规定。这些法律法规明确了交强险的赔偿原则、限额以及商业险的赔付方式，为交通事故的赔偿提供了法律依据。
综上所述，当电动车主负主要责任、机动车主负次要责任时，保险公司的赔偿流程是首先由机动车的交强险在有责限额内进行赔付，然后由双方的商业险按照责任比例进行赔付，最后仍有不足部分由双方车主自行承担。具体的赔偿金额和比例需根据事故情况和保险合同来确定。