在处理既有借款又有工程款，且结算前进行还款的情况时，还款性质的认定确实是一个复杂且关键的问题。以下是我根据法律实务经验，对此问题进行的详细分析：
一、核心结论：还款性质的认定需综合考虑还款时的意思表示、还款金额与借款及工程款的比例、还款时间等因素，并需结合相关证据进行综合判断。若无法明确区分，可能需通过法律程序由法院进行认定。
二、具体分析：1. 意思表示：
- 还款时，若双方有明确的书面或口头约定，表明该笔还款是针对借款还是工程款，则应按照约定认定还款性质。 - 若无明确约定，则需结合其他证据，如还款凭证上的备注、双方往来邮件或短信记录等，来推断还款时的真实意思表示。2. 金额比例：
- 若还款金额与借款金额或工程款金额中的某一项完全吻合，或存在明显的对应关系，则可能更容易认定该笔还款的性质。 - 若还款金额与两者均不完全吻合，则需进一步结合其他因素进行综合判断。3. 还款时间：
- 还款时间也是判断还款性质的重要因素。例如，若借款到期日早于工程款支付日，且还款时间接近借款到期日，则更可能认定该笔还款是针对借款的。 - 反之，若工程款支付日早于借款到期日，且还款时间接近工程款支付日，则更可能认定该笔还款是针对工程款的。4. 法律程序：
- 若双方对还款性质存在争议，且无法通过协商解决，则可能需通过法律程序由法院进行认定。在诉讼过程中，双方需提交相关证据，法院将依据证据规则及法律规定进行裁判。 三、建议：1. 明确约定：为避免类似争议，建议在借款及工程款合同中明确约定还款性质及还款顺序。
2. 保留证据：在还款过程中，务必保留好相关证据，如还款凭证、往来邮件或短信记录等，以便在争议发生时进行举证。
3. 及时咨询：若对还款性质存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获取更准确的法律意见及解决方案。
希望以上分析能对您有所帮助。如有其他法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我提问。