对于合法持有宅基地的农户，确实可以自主建房，但这一过程需要遵循一系列严格的条件和程序，以确保建房行为的合法性和合规性。以下是对这一问题的详细解答：
一、申请资格与条件
1. 身份要求：您必须是本村集体经济组织成员，即本村村民，才有资格在宅基地上建房。
2. 宅基地情况：您需要满足无宅基地或分户需求，比如因子女结婚等原因确需分户且现有宅基地低于分户标准的，或者现住房影响乡村建设规划需搬迁重建的等情形。
3. “一户一宅”原则：农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。这是为了保障土地资源的合理利用和公平分配。
二、审批流程与手续
1. 提交申请：您需要以户为单位向所在村民小组提出宅基地和建房（规划许可）的书面申请，并提交相关材料如身份证、户口本、宅基地使用权证明等。
2. 公示与审查：村民小组会议会讨论您的申请，并在小组范围内进行公示。无异议后，村级组织会审查材料的真实性和合规性，并征求相邻权利人的意见。
3. 上报与审批：村级组织签署意见后，会将您的申请报送乡镇政府。乡镇政府会建立联审联办制度，根据各部门联审结果出具《农村宅基地批准书》和《乡村建设规划许可证》。
三、建房限制与要求
1. 符合规划：您的建房必须符合乡镇土地利用总体规划和村庄规划，不得在禁止建设区域如永久基本农田内建房。
2. 建筑标准：各地对农村建房的层数、高度、建筑面积等有具体规定，您在建房时必须严格遵守这些标准。
3. 按证建房：您需要按照《乡村建设规划许可证》上的要求进行建房，包括房子的大小、层数等都不能超标。
4. 验收合格：房屋建成后，您需要经过相关部门验收，确保符合规划要求和建筑标准。验收合格后，您才可以投入使用。
四、特殊规定与注意事项
• 地方政策差异：各省、自治区、直辖市对农户申请宅基地条件和建房要求可能有其他特殊规定。因此，在您建房前，需要详细了解当地政策，确保自己的行为符合最新规定。
• 法律咨询：在申请宅基地和建房过程中，如果您遇到法律问题或疑问，建议及时咨询当地律师或相关政府部门，以确保自己的权益得到保障。
综上所述，虽然合法持有宅基地的农户可以自主建房，但这一过程需要满足特定条件、遵循法定程序，并符合当地规划及建筑标准。希望这些信息能对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。