要确保离婚协议合法有效且保护双方权益，您需要注意以下几个方面：

首先，协议内容的合法性是至关重要的。离婚协议中不得包含任何违反法律强制性规定的内容，例如剥夺子女的抚养权、非法转移财产或逃避债务等。双方应确保协议中的每一项条款都符合法律法规的要求，以保障其法律效力。

其次，双方当事人的民事行为能力也是关键。签订离婚协议的双方必须具有完全民事行为能力，能够真实地表达自己的意愿，且不存在受欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在上述情形，可能导致协议无效或可撤销。

再者，协议的自愿性同样重要。离婚协议应是双方自愿达成的，不存在一方强迫另一方签订的情况。双方应在平等、自愿的基础上，通过协商达成一致意见，并确保协议内容真实、有效。

此外，办理离婚登记手续也是必不可少的步骤。离婚协议在签订后，需到婚姻登记机关办理离婚登记手续，并在登记机关备案后才生效。如果仅签订离婚协议而未办理离婚登记，该协议将不具有法律效力，对双方也不具有法律约束力。

在签订离婚协议时，双方还应仔细斟酌协议条款，确保其合法、合理、公平。对于财产分割、子女抚养、债务处理等关键问题，应明确约定并详细阐述，以避免后续可能出现的纠纷。

最后，为了保护自己的权益，建议在签订离婚协议前咨询专业律师的意见。律师可以帮助您审查协议内容，确保其合法性并保护您的权益。同时，在签订协议时也可以考虑邀请第三方见证或公证，以增加协议的可信度和执行力。

综上所述，确保离婚协议合法有效且保护双方权益需要关注协议内容的合法性、双方当事人的民事行为能力、协议的自愿性、办理离婚登记手续以及仔细斟酌协议条款等方面。通过遵循这些原则和建议，您可以更好地保护自己的权益并避免后续纠纷的发生。