1. 婚姻自由的法律原则：在我国，婚姻自由是宪法和法律赋予公民的一项基本权利，包括结婚自由和离婚自由。女方与军人结婚，主要基于双方的感情基础和自愿原则，女方爸爸的案底通常不会对此构成直接的法律障碍。
2. 军婚的特殊规定：虽然军婚在某些方面受到特殊保护，比如对破坏军婚的行为有严厉的法律制裁，但这并不意味着军婚在缔结时就需要对双方家庭背景进行特别的审查。军婚的缔结，主要还是基于双方的感情和意愿。
3. 案底对婚姻的影响：案底通常指的是个人过去的犯罪记录或不良行为记录。虽然这些记录可能在某些特定情况下（如就业、政审等）对个人产生一定影响，但在婚姻关系中，它们并不是决定性的因素。女方爸爸的案底，一般不会直接影响到女方与军人的婚姻关系。
4. 可能的特殊情况：当然，也存在一些特殊情况。比如，如果女方爸爸的案底涉及到严重的刑事犯罪，且该犯罪与女方的婚姻选择有直接关联，或者军方的特殊规定对此有明确要求，那么可能会影响到军婚的缔结。但这种情况相对较少见，且通常需要具体问题具体分析。
综上所述，女方爸爸有案底，一般不影响女方与军人结婚。如果您还有其他关于军婚或相关法律问题的疑问，欢迎随时向我咨询。