首先，我要明确的是，无论是员工偷窃还是虚开发票，都是违法行为，都需要承担相应的法律责任。针对您提出的问题，我会从两个角度进行分析和建议。

### 关于员工偷窃的问题

1. 法律性质：员工偷窃公司财物，属于侵犯公司财产权的行为，根据偷窃金额的大小，可能构成盗窃罪，需要承担刑事责任。

2. 处理建议：

- 收集证据：首先，您需要收集员工偷窃的相关证据，如监控录像、交易记录、证人证言等，以确保后续报警或起诉时有足够的证据支持。 - 报警处理：在收集到足够证据后，您应及时向当地公安机关报案，由警方进行调查和处理。 - 内部处理：同时，您也可以在公司内部对员工进行处分，如解除劳动合同、追回损失等。

### 关于虚开发票的问题

1. 法律性质：虚开发票是违反税收管理法规的行为，可能构成虚开增值税专用发票罪或其他相关罪名，同样需要承担刑事责任。此外，虚开发票还可能导致公司面临税务稽查、补缴税款、罚款等行政责任。

2. 处理建议：

- 自查自纠：首先，您应立即停止虚开发票的行为，并对已虚开的发票进行自查自纠，如补缴税款、更正申报等。 - 主动坦白：如果虚开发票的行为已经发生，且情节较为严重，建议您主动向税务机关坦白，并积极配合税务机关的调查和处理。 - 法律咨询：由于虚开发票涉及复杂的法律问题和严重的法律后果，建议您尽快咨询专业律师，以便了解具体的法律风险和应对策略。

### 综合建议

1. 分开处理：员工偷窃和虚开发票是两个独立的法律问题，应分开处理。对于员工偷窃，您应重点收集证据并报警；对于虚开发票，您应自查自纠并咨询专业律师。

2. 法律风险防范：在未来的经营过程中，您应加强公司的法律风险防范意识，建立健全的内部控制制度和财务管理制度，确保公司各项业务的合法合规性。

3. 积极配合调查：无论是员工偷窃还是虚开发票，一旦涉及法律调查，您都应积极配合相关部门的调查工作，如实提供相关信息和资料。

最后，我要强调的是，法律是维护社会秩序和公平正义的重要工具。面对违法行为，我们应勇敢站出来，维护自己的合法权益，同时也应遵守法律法规，做到守法经营、诚信为本。如果您在后续处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。