在债务人商铺还没修好且五证不齐全的情况下，债权人希望通过强制执行阶段实现以物抵债，确实需要谨慎处理。以下是我给出的详细建议：

1. 明确法律程序：

- 首先，债权人需要确保已经获得了合法的执行依据，如法院的判决书或调解书，且该执行依据已经生效。 - 接着，需要向法院申请强制执行，并按照法院的要求提供相关的执行材料。

2. 评估商铺价值：

- 在考虑以物抵债之前，债权人应对商铺的实际价值进行评估。由于商铺尚未修好且五证不齐全，其价值可能会大打折扣。 - 可以聘请专业的评估机构对商铺进行价值评估，以确保以物抵债的公平性。

3. 与法院沟通：

- 债权人应积极与法院执行法官沟通，说明以物抵债的意愿，并了解法院对此的态度和程序要求。 - 法院可能会要求债权人提供商铺的评估报告、债务人的同意书等相关材料。

4. 处理五证不全的问题：

- 五证不全是商铺的重大瑕疵，可能会影响商铺的过户和后续使用。 - 债权人应要求债务人尽快补办相关证件，或者在以物抵债协议中明确由债权人负责补办，并约定相关的费用和责任承担。

5. 签订以物抵债协议：

- 在确保商铺价值评估准确、法院同意以物抵债、五证问题有解决方案的前提下，债权人与债务人应签订详细的以物抵债协议。 - 协议中应明确商铺的具体位置、面积、抵债金额、过户时间、费用承担等关键条款。

6. 办理过户手续：

- 在以物抵债协议签订后，债权人应尽快办理商铺的过户手续。 - 过户过程中可能需要支付相关税费和费用，债权人应提前做好准备。

7. 关注后续风险：

- 以物抵债后，债权人需要关注商铺的后续使用情况，特别是五证不全可能带来的法律风险。 - 如遇到任何问题，应及时咨询专业律师以寻求法律帮助。

综上所述，债权人在债务人商铺还没修好且五证不齐全的情况下实现以物抵债，需要谨慎处理各个环节，确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。