信用卡逾期三年，能否协商仅偿还本金确实是一个复杂的问题，这主要取决于银行的态度以及逾期者的具体情况。

从法律角度来看，我国的相关法律规定，在民事诉讼程序中，若信用卡逾期者自愿同意进行还款处理，发卡银行在启动法律诉讼后，确实有可能考虑通过协商的方式解决。但这并不意味着银行一定会同意仅偿还本金。在协商过程中，银行会综合考虑逾期者的还款能力、逾期金额、逾期时间以及之前的还款记录等因素。

通常情况下，银行在提供信用卡服务时，是期望获得一定的利息收入的。因此，对于逾期债务，银行通常会要求偿还本金以及相应的利息和滞纳金。然而，在实际操作中，如果逾期者能够与银行进行有效沟通，并展示出良好的还款意愿和还款能力，银行可能会考虑给予一定的减免，比如降低利息或免除部分滞纳金。

但值得注意的是，逾期三年已经是一个相对较长的时间，期间可能已经产生了大量的利息和滞纳金。因此，想要仅偿还本金可能会面临较大的困难。即使银行同意协商，也可能会要求逾期者至少偿还部分利息或滞纳金。

此外，还需要注意的是，如果逾期金额较大，且经过银行多次催收仍未偿还，那么根据我国刑法的相关规定，逾期者可能会面临承担刑事责任的风险。

因此，建议信用卡逾期者在逾期后尽快与银行进行沟通，明确自己的还款意愿和还款能力，并尽力与银行协商一个可行的还款方案。避免因为长时间的逾期而导致更严重的后果。同时，也提醒广大信用卡用户，在使用信用卡时要合理规划消费和还款计划，确保能够按时偿还欠款，避免产生不必要的麻烦和损失。