“二次退税”这个概念在税收领域中并不是普遍适用的术语，其合法性主要取决于具体的税收法规和政策。从您提供的参考信息中，我们可以分析两种不同情境下的“二次退税”：

### 1. 增值税期末留抵税额的二次退税

对于增值税期末留抵税额的退税（即留抵退税），根据国家税务总局发布的公告，自2019年4月1日起，符合条件的纳税人可以向主管税务机关申请退还增量留抵税额。这里的“二次退税”如果指的是在符合留抵退税条件的情况下再次申请退税，那么其合法性取决于纳税人是否仍然符合退税条件以及是否遵循了相关的申请流程和规定。

- 合法性：如果纳税人符合留抵退税的条件，并且按照规定的流程和要求提交了申请，那么二次退税是合法的。
- 注意事项：纳税人需要确保自己符合退税条件，如连续六个月增量留抵税额大于零、纳税信用等级等要求，并且需要按照规定的公式计算允许退还的增量留抵税额。

### 2. 土地增值税的二次清算退税

在山东省，根据《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》的规定，允许在一定条件下进行土地增值税的二次清算并退税。这主要适用于房地产开发企业在清算后发生特定情形（如清算时未取得合法有效凭证而在清算后取得的、清算时未支付款项而在清算后支付的等），导致需要调整清算税额并退还多缴的税款。

- 合法性：在山东省内，如果房地产开发企业符合二次清算退税的条件，并且按照规定的流程和要求提出了申请，那么二次清算退税是合法的。
- 注意事项：企业需要确保自己符合二次清算退税的具体条件，并且需要在规定的时间内（自结算缴纳土地增值税清算税款之日起三年内）向主管税务机关提出申请。

### 总结

“二次退税”的合法性主要取决于具体的税收法规和政策以及纳税人的具体情况。在申请二次退税前，纳税人应该仔细研究相关的税收法规和政策，确保自己符合退税条件，并且需要按照规定的流程和要求提交申请。如果您对具体的退税政策或流程有疑问，建议咨询当地的税务机关或专业的税务顾问以获取准确和详细的解答。