首先，个税退款是税务机关根据个人的纳税情况，依法将多缴的税款退还给个人的行为。这笔退款属于个人财产，个人有权自由支配和使用。
其次，公司无权擅自扣除员工的个税退款。除非有明确的法律依据或者双方之间有明确的约定，否则公司不能单方面扣除员工的个人财产。如果公司认为员工存在某些需要扣款的情况，应该通过合法的途径来解决，比如与员工协商、提起诉讼等。
最后，如果公司确实扣除了员工的个税退款，员工可以与公司进行沟通，要求公司说明扣款的原因和依据。如果公司无法提供合理的解释和依据，员工可以向相关部门投诉或者寻求法律援助，维护自己的合法权益。
总之，个税退款被公司扣除一般是不合法的，员工应该了解自己的权益，并在必要时采取合适的措施来维护自己的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。