当上游企业被认定为虚开增值税发票时，下游企业确实需要根据不同情形进行妥善处理。以下是我为您提供的详细解答：
### 一、善意取得情况的处理
若下游企业属于善意取得虚开发票，即购货方和销售方之间存在真实交易，并且购货方并不知晓所取得的发票为虚开，那么：
1. 不以偷税或骗取出口退税论处：在这种情况下，下游企业不会被视为有偷税或骗取出口退税的行为。
2. 进项税款不予抵扣，出口退税不予办理：尽管交易是真实的，但由于发票是虚开的，所以下游企业不能将该发票的进项税款进行抵扣，也不能办理出口退税。
3. 已抵扣税款的追缴：如果下游企业已经抵扣了进项税款或者获得了出口退税，那么必须依法进行追缴。
### 二、恶意取得情况的处理
若下游企业恶意取得虚开发票，例如与上游相互勾结，或者明知发票是虚开的却仍然接受，那么：
1. 追缴税款和滞纳金：税务机关会追缴其少缴或未缴的税款和滞纳金。
2. 罚款：同时，税务机关还会处以少缴或未缴税款50%以上5倍以下的罚款。
3. 追究刑事责任：如果构成犯罪，将依法追究刑事责任，可能涉及虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪等。
### 三、下游企业的应对策略
面对上游虚开增值税发票的情况，下游企业应积极配合税务机关的调查，并及时提供相关证据材料，以此证明自身实际情况。具体来说，下游企业可以采取以下策略：
1. 异议前置，争取协查撤回：在收到《已证实虚开通知单》后，下游企业应尽快提交购销合同、物流单据、付款凭证等证据，证明与上游企业存在真实交易，以争取协查撤回。
2. 定性抗辩，争取“善意取得”：下游企业需要同时满足真实交易、发票信息一致、不知晓虚开、合法来源等四个要素，才能被认定为善意取得。
3. 跨区域诉讼，挑战源头定性：如果下游企业对上游税务机关的虚开认定有异议，且该认定直接影响了其权益，那么可以在规定时效内提起跨区域诉讼，挑战源头定性。
4. 程序救济，应对附随后果：如果下游企业因上游虚开发票而面临停开发票等附随后果，可以依据《税收征管法》等相关法律法规进行程序救济。
### 四、实务建议
为了防范类似风险，下游企业应建立完善的风控体系：
1. 事前风控：建立供应商“四查”机制，即查税务登记状态、发票领购量、纳税信用等级、历史虚开记录。
2. 事中管理：每笔交易留存“三流一致”证据，即合同、物流、资金一致，特殊行业还需补充技术服务记录。
3. 事后应对：一旦发生上游虚开增值税发票的情况，下游企业应迅速采取应对措施，包括提交异议、争取善意取得认定、提起诉讼等。
总之，当上游企业被认定为虚开增值税发票时，下游企业需要根据自身情况采取相应的处理措施，并积极配合税务机关的调查。同时，下游企业也应加强风控管理，防范类似风险的发生。